儿童口吃的病因和病理机制尚不明确，可能和以下原因有关。

1、遗传因素：口吃患者家族发病率可达36%～55%，故有人认为与遗传因素有关，可能为单基因遗传。也有人发现口吃患者及亲属中左利手多见，认为口吃与大脑优势侧有关。

2、躯体因素：较多儿童围产期或婴幼儿期曾受到有害因素的作用，如胎儿期母体患妊娠毒血症、出血或躯体性疾病，或发育过程中患某些传染病使神经系统功能弱化，言语功能受累而致口吃。

3、精神因素：儿童口吃往往发生在急性或迁延性精神创伤之后，因而不少学说认为精神因素可能为口吃的重要发病原因。

4、其它因素：有的学龄前儿童罹患口吃是因模仿所致。有资料则根据脑电图、发音肌肌电图和氟哌啶醇临床疗效，推断口吃可能与边缘系统和网状结构复合体活动增强、发音肌功能不协调、和基底节存在生化障碍等因素有关，但尚待临床进一步论证。