1、表皮愈合不良：多见于PRK，可用治疗性隐形眼镜及人工泪水帮助复原。

2、角膜瓣下杂质或表皮入侵：轻微者不影响视力，严重者须翻开角膜瓣将其去。

3、手术不能保证视力一定达到1.0，有些病例可能须再次手术，或配戴眼镜才能得到最佳视力。

4、感染：因手术或术后不洁，使伤口受到病菌感染，机率很低，只要早期发现，多数可用药物控制。

5、畏光：在手术后3至6个月内，对光线的敏感度增加，但多会在6个月后逐渐消失，极少病例会持续下去。

6、角膜瓣皱折或移位：仅见于LASIK，可能因外伤引起，会造成不规则散光影响视力，可再手术铺平。

7、眩光或复视：手术初期较常见，尤其夜间瞳孔变大较会产生，大部分会慢慢消失，只有少部分会持续下去。

8、干眼症：雷射术后泪水分泌会减少，可能产生干眼症状或使得原本干眼的人症状加重，须补充人工泪水治疗，约3-6个月可改善。

9、手术中的合并症：多数是角膜瓣切割不良，如切割不完全或切割不平整；只要将角膜瓣复位即可恢复，三个月后可再次手术。

10、矫正不足或过度矫正：手术后仍残留近视，或是超过预期的矫正度数变成远视，是最常见的副作用，视情况可于度数稳定后再次雷射矫正。

11、角膜混浊：仅PRK术后会发生，与个人体质及矫正度数愈高有正相关，术后1-3个月最明显，须点类固醇眼药水控制，之后大多会慢慢褪去。

12、老花眼：年龄接近或超过40岁的人，可能已有老花眼，近视矫正后即使看远不用戴眼镜，但是看近处或看书时还是需要戴眼镜。