急性丙肝临床表现一般较轻，常为亚临床型，呈自限性经过。患者可以无明显症状，或出现乏力，食欲缺乏等，而发热、肝区疼痛、黄疸少见，大多数为无黄疸型。ALT升高，呈持续轻度异常或反复波动。丙肝容易演变成慢性，约50%（30%~60%）的急性丙肝将发展为慢性丙肝。其中20%-30%将发展成为肝硬化，部分人又在此基础上发生原发性肝癌。无黄疽型较黄疸型更易慢性化。丙肝很少引起重型肝炎。

丙肝易慢性化的主要因素可能与丙肝病毒（HCV）的频繁变异，导致免疫逃逸有关。慢性丙肝与慢性乙肝相比，慢性丙肝的病程缓慢。从输血到诊断肝硬化需要20～25年，而从输血到原发性肝癌约需30年。

HCV除了在肝脏复制外，在外周血单核细胞（PBMC）、脾脏、T和B淋巴细胞中均可检出HCV-RNA，提示HCV存在肝外复制。肝外复制是导致抗病毒治疗不易取得成功，从而造成HCV 持续感染、病情慢性化的原因之一。特别是外周血单核细胞中的HCV不易被清除，成为HCV贮存和复制的场所。

曾有人从骨髓来源的B细胞检测出HCV-RNA，骨髓中HCV的存在可直接损害机体的免疫功能，引起清除HCV的障碍。