脑血栓后遗症是伴着脑血栓而来，所以只要确定了脑血栓，便可以诊断。脑血栓形成除了与出血性脑血管病鉴别外，还需与脑栓塞、TIA鉴别。此外，也要与其他颅脑疾病如颅内占位性病变、脑瘤、硬膜下血肿、脑脓肿、脑炎、脑寄生虫病等鉴别。但根据病史及检查，常不难鉴别。

应与以下疾病鉴别：

（一）脑出血

发病更急，常有头痛，呕吐等颅内压增高症状及不同程度的意识障碍，血压增高明显，典型者不难鉴别。但大面积梗塞与脑出血，轻型脑出血与一般脑血栓临床症状相似，鉴别困难，往往需要做CT才能鉴别。

（二）脑栓塞

起病急骤，一般缺血范围较广，症状常较重，常有心脏病史，特别是有心房纤颤、细菌性心内膜炎、心肌梗塞或其它掀因容易产生栓子来源时应考虑脑栓塞。

（三）颅内占位性病变

某些硬膜下血肿、颅内肿瘤、脑脓肿等发病也较快，出现偏瘫等症状，与脑血栓相似，应注意有无高颅压的症状及体征，必要时可做腰穿、CT等检查以资鉴别。