一、乙肝病毒是在肝脏细胞内进行复制，而治疗药物必须是小分子物质才能进入肝细胞内，并发挥抵抗病毒的任用。乙肝病毒除了存在于人体肝脏以外，在其他一些器官、组织 也可出现，如脾脏、肾、胰、骨髓、淋巴结、睾丸、卵巢及皮肤等。

二、乙肝难治的原因还包括病毒的复制方式，由于乙肝病毒的复制方式与其他病毒不同，它会形成病毒复制和原始模板CCCDNA，稳定贮存在肝细胞核内，而一般的抗病毒对模板没有效果，因而患者在停药后往往发生病情反复。

三、乙肝病毒有着坚硬的蛋白质外壳，可以起到保护病毒的作用，因此，治疗乙肝的药物很难直接对病毒产生作用，必须依赖人体自身的免疫功能。

四、乙肝病毒在甘些药物作用下，会发生病毒基因变异，从而产生耐药性或免疫逃避，因而在选择治疗药物时应当慎重，这应该是乙肝难治的原因。

五、乙肝病毒在主肝细胞后，随着病程的延长，病毒的部分DNA可能与肝细胞的DNA发一整合，当肝脏细胞的DNA犁时，病毒的基因也会一同犁，一旦发生这种现象，治疗难度会明显加大。