生殖器疱疹的传染源是患者及亚临床无症状的带病毒者，尤其是在患者的生殖器皮肤或粘膜的疱疹内含有单纯疱疹病毒，可通过性接触而传染给配偶或其他性侣，也在同性恋者中互相传染。有时在口腔或口腔周围患有疱疹的人，可通过口腔-生殖器性交，使对方传染生殖器疱疹。因此，不同方式的性行为，也可传播生殖器疱疹疾病。

由于有感染性的病毒能在潮湿的环境中存活数小时，因而单纯疱疹也可通过污染物而间接传播。生殖器疱疹是一种普遍的性疾病，因为生殖器疱疹在潜伏期中也有传染性，所以会让人在不知不觉得情形下成为疱疹的的传播者和受害者。

单纯疱疹病毒人类是单纯疱疹病毒的唯一天然宿主，患病的病人即是该病的传染源。由于病毒可以感染人们的皮肤、口腔、鼻、眼、生殖器，因此病人的唾液、皮肤损害处的分泌物、鼻腔分泌物，以及阴道分泌物、粪便中都可能有病毒存在。

生殖器疱疹HSV感染后平均约4～5日，外阴患部先有灼热感，旋即发生成群丘疹，可为一簇或多簇，继之形成水疱。数日后演变为脓疱，破溃后形成糜烂或浅溃疡，自觉疼痛，最后结痂自愈，病程约2～3周。原发性生殖器疱疹，往往伴有全身不适，低热、头痛等全身症状，局部淋巴结肿大。

该病常复发，复发性生殖器疱疹较原发者轻，损害小，往往无全身症状。男性同性恋可出现肛门直肠HSV-2感染，其发病率仅次于淋球菌所致的肛门直肠炎，临床表现为肛门直肠疼痛、便秘、分泌物增加和里急后重，肛周可有疱疹性溃疡，乙状结肠镜检常见直肠下段粘膜充血、出血和溃疡。