1、灰指甲的临床诊断首先就是指甲增厚，真菌侵入甲板或甲床后，甲板中的角质物受到真菌的作用而高度增殖，角质物的堆积使甲板增厚。甲板的增厚也加深了甲床混浊程度，一般它可以比正常甲板厚出1～3倍以上。

2、表面凹凸不平也是灰指甲的临床诊断之一，由于甲板或甲板下有角质物堆积，同时甲板又被破坏，使甲板表面粗糙，凹凸不平，失去光泽。这种凹凸不平既为纵向，也可以为横向。同时也可以理解到病甲的主要病变在甲板下。

3、灰指甲的临床诊断还包括甲板变脆易碎，由于真菌侵入甲板和甲床，在角质溶解酶的作用下，角质但白被溶解，形成角质细小颗粒，被破坏的甲板缺乏弹性和韧性而变脆，角质颗粒呈粉末状易于脱落、松散而变得碎杂。

4、甲分层同样是灰指甲的临床诊断，增厚的角质物变干，变碎屑，变脆，它容易从甲板与甲床之间脱落下来，使得原本与指肉粘合的指甲表层，出现中空现象，即指甲分为2层，表层与指肉分离，另外分离出一层薄薄的甲质粘在指肉上。